ในปี พ.ศ. 2326 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเจ้าหนานจันทปโชติ พระโอรสในเจ้าหลวงอริยวงษ์ที่รับราชการมาจนเป็นที่โปรดปราน ขึ้นเป็น พระยามงคลยศประเทศราช เจ้ามงคลวรยศ และให้กลับมาครองเมืองน่าน เจ้ามงคลวรยศ จึงไปตั้งมั่นอยู่ที่บ้านท่าปลา ฝ่ายพม่าได้แต่งตั้งให้เจ้าอัตถวรปัญโญ นัดดาของเจ้ามงคลวรยศเป็นเจ้าเมืองน่าน ในปีต่อมาเช่นกัน โดยไปตั้งมั่นอยู่ที่เมืองเทิง ส่วนเจ้าสมณะ อนุชาเจ้ามงคลวรยศ ไปตั้งอยู่ที่เวียงสา

ในปี พ.ศ. 2329 พระยามงคลยศประเทศราช ก็ได้สละราชสมบัติ และยกเมืองน่านให้เจ้าอัตถวรปัญโญขึ้นครองสืบต่อไป

ในปี พ.ศ. 2331 เจ้าอัตถวรปัญโญ ได้ลงไปเฝ้าทูลละอองทุลีพระบาทพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช กษัตริย์ในรัชกาลที่ 1 ของกรุงรัตนโกสินท์ เพื่อขอเป็นข้าขอบขัณฑสีมา ในการนั้น พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช จึงทรงโปรดเกล้าฯให้ เจ้าฟ้าอัตถวรปัญโญ เป็นเจ้าผู้ครองนครเมืองน่าน และในการนั้นก็ทรงโปรดเกล้าฯ ทรงแต่งตั้งเจ้าสมณะ ผู้เป็นมาตุลาขึ้นเป็นเจ้าพระยาหอหน้าฯ

ในปี พ.ศ. 2344 เมืองน่าน จึงมีฐานะเป็นหัวเมืองประเทศราชของกรุงเทพฯ ตั้งแต่นั้นมา เจ้าฟ้าอัตถวรปัญโญ มีความสามารถในการปกครองและบริหารบ้านเมืองเป็นอย่างยิ่ง พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช จึงโปรดปรานและรักใคร่ดังลูกหลาน

พระนามเจ้าผู้ครองเมืองน่าน (ยุคขึ้นกับกรุงรัตนโกสินทร์ )

ยุคนครเมืองน่าน (ภายใต้การปกครองของกรุงรัตนโกสินทร์) ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2326 - พ.ศ. 2474 รวมเวลา 148 ปี และมีเจ้าผู้ครองนครเมืองน่าน ในยุคนี้มีทั้งหมด 9 พระองค์ เป็นเจ้าผู้ปกครองนครเมืองน่าน ดังรายพระนาม ต่อไปนี้